A síndrome do definhamento e refugagem (em inglês, runting stanting syndrome – RSS) é uma doença viral entérica em aves comerciais que causa impacto direto na saúde intestinal, contudo, a influência sobre a microbiota intestinal ainda é desconhecida. O objetivo deste estudo foi investigar as características da composição da comunidade bacteriana do íleo de frangos de corte naturalmente acometidos e não acometidos pela RSS, usando tecnologia de sequenciamento de nova geração (NGS). Foram utilizadas amostras do conteúdo e da mucosa do íleo de pintinhos de duas propriedades distintas com dois lotes diferentes, dos quais um grupo era da propriedade 01, com pintinhos de 7 dias de idade e outro da propriedade 02, com pintinhos de 6 dias de idade, totalizando 32 amostras. Desses, 18 eram pintinhos com RSS e 14 sem RSS. As propriedades eram de dois municípios distintos do estado de Minas Gerais Minas Gerais (original name) Minas Gerais . Os resultados revelaram alterações na microbiota intestinal dos dois grupos de pintinhos com RSS. Houve uma diminuição na riqueza e na diversidade microbiana no intestino dos pintinhos da propriedade 01 com RSS. Observou-se aumento da população do gênero Lactobacillus nos pintinhos da propriedade 02 com RSS. Nos pintinhos da propriedade 01 com RSS, houve aumento do gênero Candidatus Arthromitus e diminuição de Lactobacillus, além disso, foi detectado aumento do gênero Clostridium sensu stricto 1. Os resultados sugerem uma relação entre a infecção viral e a composição microbiana intestinal que pode causar disbiose intestinal e pode influenciar a inflamação desse órgão. Outra parte deste trabalho teve como objetivo uma investigação diagnóstica sobre causa de atraso no crescimento e refugagem em 22 pintinhos de corte com 7 dias de idade, que apresentavam comportamentos de desconforto ambiental. Foi realizada a análise para caracterização da microbiota intestinal ileal desses pintinhos por NGS e reação em cadeia da polimerase (PCR) de ventrículos para o adenovírus aviário (FAdV), com resultado negativo. Os resultados revelaram erosão no ventrículo em várias dessas aves, juntamente com conteúdo intestinal mal digerido. Nos testes de Shannon e Simpson houve um aumento da diversidade das espécies na microbiota dos pintinhos com erosão do ventrículo, contudo, não houve diferença significativa na composição da microbiota ileal entre os grupos. O estresse ambiental e/ou micotoxinas possivelmente podem ter sido causas de erosão do ventrículo desses pintinhos, condição que também pode ser relacionada com má digestibilidade e atraso no ganho de peso e crescimento em pintinhos.

Palavras-Chave: microbiota intestinal, íleo, síndrome do definhamento e refugagem, erosão de ventrículo, sequenciamento.