Os membros da família Circoviridae estão entre os menores vírus conhecidos, e quatro espécies foram identificadas até o momento: PCV1, PCV2, PCV3 e mais recentemente, o PCV4. O presente trabalho caracterizou geneticamente o circovirus suíno tipo 2 (PCV2) e tipo 3 (PCV3) em amostras oriundas da região da Zona da Mata Mineira, Brasil. Foram analisadas 467 amostras, compostas por 138 amostras de soro de matrizes e 329 amostras de soro e fluido oral de leitões vacinados de diversas idades, coletadas em nove granjas de ciclo completo localizadas nas microrregiões de Viçosa e Ponte Nova. A detecção de PCV2 foi realizada por PCR quantitativo em tempo real (qPCR), enquanto o PCV3 foi detectado por nested PCR. Amostras positivas para PCV2 no teste de qPCR foram submetidas a PCR convencional para genotipagem. As amostras foram categorizadas por faixa etária, sendo 138 amostras de matrizes, 116 amostras de leitões na fase de creche, 109 suínos na fase de recria e 104 suínos na fase de terminação. Além disso, foi aplicado um questionário aos produtores, focado em biosseguridade e vacinação. A possibilidade de utilização do fluido oral como amostra biológica para diagnóstico de PCV2 e PCV3 também foi avaliada. Os resultados indicaram uma baixa proporção de amostras com cópias genômicas maior ou igual a 7 em todas as fases de produção, sendo nula no soro de matrizes e variou entre 5,78% e 17,31% em amostras de soro e fluido oral de animais de crescimento. A maioria das amostras apresentou carga viral correspondente à apresentação subclínica, variando entre 36,54% e 45,85%, com prevalência predominante do genótipo PCV2d (24,14%). A prevalência de PCV3 foi de 14,49% no soro de matrizes e de aproximadamente 9% em demais amostras. Foi observada uma baixa frequência de coinfecção entre o PCV2 e o PCV3, e a confirmação da eficácia do fluido oral como alternativa diagnóstica. Esses resultados fornecem informações para subsidiar a definição de estratégias de prevenção e controle das infecções por PCV2 e PCV3 e monitoramento dessas infecções na produção suína da região da Zona da Mata em Minas Gerais Minas Gerais (original name) Minas Gerais .

Palavras-chave: Porcine circovirus2, Porcine circovirus3, PCV2d, Circovirose, qPCR, nested PCR