O Programa de Pós-Graduação, com o Mestrado em Medicina Veterinária, foi iniciado em 1968, e o Mestrado em Zootecnia, criado em dezembro de 1968 e iniciado em 1969. Os cursos funcionaram sob a coordenação de um colegiado único, juntamente ao Doutorado em Ciência Animal (implantado em 1989), até o ano de 2006, quando a Câmara de Pós-Graduação, o Conselho de Ensino e Pesquisa e o Conselho Universitário da UFMG aprovaram a criação do nível de Doutorado em Zootecnia, constituindo o Programa de Pós-Graduação em Zootecnia com dois níveis de formação. A partir de 2007, então, a Escola passa a ter dois programas de Pós-Graduação: em Ciência Animal e em Zootecnia.