O colegiado é um órgão que participa da coordenação didática do curso de Aquacultura, sendo um elo entre os alunos, professores e a universidade ao tratar de questões burocráticas a eles referentes.
A principal função do colegiado é a de orientar e coordenar as atividades realizadas pelos alunos dentro do curso. Dentre outras atribuições, ele é responsável pelos processos de matrícula, reopção, dispensa e inclusão de atividades acadêmicas regulares, transferência, obtenção de novo título ou outras formas de ingresso, aproveitamento de créditos e trancamentos parciais e totais de matrícula.
Além disso, o Colegiado de Aquacultura tem um Núcleo Docente Estruturante, que é responsável por implementar, desenvolver e consolidar o programa pedagógico do curso.
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Coordenação: Profa. Cíntia Labussière Nakayama
Subcoordenação: Profa. Carla Ferreira Soares