No Setor de Doenças das Aves desenvolve-se ensino, extensão e pesquisa em doenças das aves domésticas e selvagens, nativas e exóticas. Em pesquisa, estão incluídas as viroses, adenoviroses, anemia das galinhas, bronquite infecciosa das galinhas, doença do bico e das penas dos psitacídeos, doença infecciosa bursal (várias espécies), doença de Newcastle, influenza aviária, reoviroses e rotaviroses das aves (em parceria com o Laboratório do Prof. Marcos Bryan Heinemann), doenças bacterianas, colibaciloses, clamidioses, clostridioses (em parceria com o Laboratório do Prof. Francisco Lobato), micoplasmoses e salmoneloses, e doenças parasitárias por protozoários, coccidioses e malária (parceria com o Laboratório de Malária, coordenado pela Profa. Éricka Martins Braga), helmintoses e ectoparasitoses por ácaros e piolhos.

O Setor de Doenças das Aves é integrante do Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e mantém laboratórios para o ensino, extensão e pesquisa em doenças das aves, no bloco C do prédio da Escola, com a seguinte estrutura laboratorial em convênio com o INCT:

• Sala de Necropsia

Sala com piso, pias e bancadas, mesas de aço inoxidável  laváveis e desinfetáveis.

• Laboratório de Microscopia, Preparação de Reagentes para Biologia molecular e Sorologia (C215)

Laboratório de cultivo e avaliação de cultivos primários e de linhagem para pesquisa, incluindo a estrutura de microscopia e estufas de atmosfera de CO2. Neste mesmo laboratório, faz-se extração de DNA e preparações de soluções para as reações em cadeia da polimerase (PCR). Neste laboratório está também disponível a estrutura para sorologia por ELISA.

• Sala de incubação

Incubadoras de ovos para a produção de embriões e eclosão de aves livres de patógenos específicos (SPF) para a pesquisa.

• Laboratório de termociclagem e eletroforese

Estrutura para a pesquisa e diagnóstico através da detecção e caracterização genética de microrganismos. Termocicladores e sistemas de eletroforese para a execução de testes, detecção e análise de produtos de PCR.

• Setor de Produção de Ovos Especiais

Aves (Gallus galllus domesticus) reprodutoras para a produção de ovos férteis e aves para o ensino, extensão e pesquisa.